La Compagnia di S. Niccolò di Bari in Vernio venne istituita per volontà testamentaria dal Conte Ridolfo dei Conti Bardi di Vernio, il quale dispose nel suo Testamento di lasciare in eredità tutti i suoi beni, mancando lui di eredi, ad una Compagnia da istituirsi nella Contea di Vernio, della quale facessero parte solo i suoi vassalli. Quale titolo e protettore della nascente Compagnia, il Conte scelse S. Niccolò di Bari Vescovo di Mira.
Il Testamento, vero e proprio atto di fondazione della Compagnia, venne rogato dal Notaio Simone Mugnai il 17 febbraio 1693 in Firenze, nella Sagrestia del Convento di S. Giuseppe alla presenza dei padri Giacinto Vezzosi, Giovanni Battista Gasparretti da Pietrasanta, Alessandro Rocchiccioli da Barga, Dionisio Fanelli da Saravezza, Giovanni Domenico Gaggioli da Pistoia e Giovanni Antonio Giannini da Pietrasanta, tutti sacerdoti dell'ordine dei Minimi, e di Domenico Salvoni di Firenze. Con tale testamento il Conte dichiarava nullo il precedente testamento da lui fatto e rogato dal Notaio Noferi Calici il 21 gennaio 1674.
Ridolfo dopo aver raccomandato la propria anima a Dio, e disposto la celebrazione di cinquecento messe in suffragio della sua anima, e di un uffizio da celebrarsi ogni anno nella chiesa di San Leonardo nel Popolo di San Quirico il 6 dicembre, giorno della festa di S. Niccolò, dispone un legato di tre lire e soldi dieci piccioli all'Opera di Santa Maria del Fiore in Firenze, e di scudi centoventi alle monache di San Girolamo su la Costa a S. Giorgio dell'ordine di S. Francesco. Dà poi ordine ai propri esecutori testamentari di recuperare tutti i crediti da lui vantati, e quindi i contanti, tutte le grascie, le mercanzie ed il bestiame solito andare in Maremma, tutte le masserizie e suppellettili presenti in ogni luogo per poi investire i proventi di tali vendite in vari luoghi di monte di Bologna o di Roma. A questo punto inizia la parte più importante del Testamento, quella in cui Ridolfo nomina quale erede universale di tutti i suoi beni la Compagnia di S. Niccolò di Bari, per la quale scelse come sede la propria residenza denominata il Casone, accanto al quale ordinò che venisse costruito un edificio ad uso di Oratorio collegato al precedente da una galleria.
Di questa Compagnia potevano far parte solo i suoi vassalli, in tutto trentotto famiglie, fra i quali andavano divisi tutti gli utili e proventi derivanti dall'uso dei beni lasciati in eredità. Risultavano così esclusi dalla Confraternita oltre le donne che si fossero maritate con estranei, tutti i vassalli degli altri Conti Bardi, gli stessi Conti Bardi ed i loro discendenti, ai quali Ridolfo ordinava di restare estranei all'amministrazione e gestione dei beni della Compagnia. Dispone poi che Religiosi, Chierici e Regolari e tutti coloro che a vario titolo fossero debitori della Compagnia, venissero esclusi dal far parte di essa. Era quindi fatto obbligo ai fratelli della Compagnia di risiedere entro i confini della Contea, e quanti si fossero trovati ad abitare fuori potevano essere riammessi a far parte della Confraternita trascorsi cinque anni dal rimpatrio. Tale esclusione non riguardava però tutti coloro che si fossero trovati fuori dei confini della Contea di Vernio per causa di studio di Legge, Medicina o altre Lettere Laicali ed esercizi civili, o per motivi di commercio o militari. Anzi il Conte invita i propri sudditi ad essere particolarmente indulgenti con queste le persone che si sono allontanate dal Feudo "per acquistare scienza e senno, e facoltà, e reputazione, per poterne al loro ritorno istruire gli altri del Paese, che secondo l'esempio dello stato presente, averanno ancora allora estremo bisogno di tali ammaestramenti." (Testamento del Conte Ridolfo de' Bardi dei Conti di Vernio del dì 17 febbraio 1693 e successivi codicilli del medesimo, p. 13, Prato, 1997, ristampa anastatica dell'edizione fiorentina del 1778).
Definiti i criteri per l'erezione della Compagnia, il Conte detta le regole da seguire per l'elezione del Corpo Amministrativo, il quale doveva comprendere un Governatore, tre Consiglieri, un Provveditore un Camarlingo, uno Scrivano, il Sagrestano e due Infermieri. Tali cariche duravano un anno, eccetto il Camarlingo che poteva essere riconfermato, ed era l'unico ad essere eletto con i due terzi di voti favorevoli, a differenza degli altri che venivano sorteggiati fra gli appartenenti alla Compagnia, partecipando un componente per ogni fuoco da scegliersi fra i più anziani e prudenti. Stabilita quindi una serie di obblighi spirituali da eseguirsi, passa alla descrizione dei beni da lui posseduti nella Contea di Vernio e cioè un mulino con gualchiera nella Pieve di S. Ippolito, la tassa della rata del sale, l'Abetaia, la Bandita di Tronale, e i prati di Montepiano, terre e capanna di Monte Cascinaio, il Pignone nel popolo di S. Quirico e la propria residenza detta il Casone. Di questi beni dispone che venga fatta una ricognizione ogni sei anni ad opera di due confratelli. Dispone la concessione a livello di tutti i beni, eccettuato il Casone (era il Livello un contratto in forza del quale veniva concesso il godimento o il dominio utile di un bene in cambio di un canone annuo.) Ordina quindi il deposito di scudi mille sopra i Monti di Bologna, o Firenze, o Roma, o Venezia al fine di raggiungere un moltiplico di ventimila scudi da ridistribuire fra i Confratelli.
Altro scopo della Compagnia era quello di dotare tutte le fanciulle di onesti costumi in età da marito, per le quali veniva pagata una dote di quaranta scudi, a patto che si fossero maritate o avessero preso i voti nei cinque anni successivi. Per quanto riguarda le distribuzioni, venivano considerati indegni i minori di anni cinque, mentre le donne adulte ed i maschi in età compresa fra i cinque e i quindici anni potevano ricevere la metà della cifra elargita ai maschi maggiorenni. Tutti questi diritti venivano persi da quei vassalli che si fossero macchiati di crimini, o avessero alienato beni di proprietà della Compagnia.
Ridolfo nomina "erede del dominio alto, e supremo, e nel mero e misto impero il Conte Carlo del conte Carlo Ottavio Bardi, mancando questo i conti Cosimo Gualterotto e Flaminio Bardi, mancando questi il Conte Muzio Bardi, e mancando anche quest'ultimo il Conte Pier Filippo Bardi". A tutti fa divieto di aggravare i propri vassalli con nuovi dazi o tributi. In fine il Conte Ridolfo nomina quali esecutori testamentari il Capitolo dei Canonici della chiesa Metropolitana di Firenze, cui sostituisce in caso di rifiuto il Capitolo ed i Canonici della Collegiata di Pistoia, cui sostituisce il Capitolo dei Canonici di Prato, ed in ultima istanza l'ospedale di Santa Maria Nuova di Firenze. Al proprio testamento il Conte Ridolfo apportò negli anni seguenti delle modifiche. che però riguardano solo marginalmente la Compagnia, in tre codicilli datati 12 luglio 1797, 26 agosto 1700, e 24 ottobre 1702.

Il 24 dicembre 1702 il Conte Ridolfo moriva senza lasciare eredi diretti. All'indomani della sua morte il Capitolo dei Canonici della chiesa metropolitana di Firenze preso l'incarico di esecutore testamentario, fece subito compilare un inventario di tutti beni lasciati in eredità dal Conte, comprendente immobili sparsi in varie parti della Toscana, si premurò di far riconoscere i crediti da parte dei Banchi di Venezia, Roma e Parigi oltre che dai privati cittadini. Nel luglio del 1703 vennero quindi iniziati i lavori di adattamento del Casone da adibirsi a sede della Compagnia, accanto al quale venne fatto erigere un Oratorio dedicato a San Niccolò di Bari, collegato al predetto edificio da una galleria. I lavori furono condotti sotto la direzione dell'ingegner Bettini e del Capomastro Giovan Battista Reali e si conclusero nel 1706, anno in cui vennero stampati a cura del Capitolo Fiorentino i Capitoli della Compagnia. (Capitoli della Venerabil Compagnia di S. Niccolò di Bari Arcivescovo di Mira eretta in Vernio l'anno 1706, in Firenze, nella Stamperia di S.A.R. Per Anton Maria Albizzini,con Licenza de' Superiori, 1706).
I Capitoli regolamentano quanto disposto dal Conte nel suo Testamento e in modo dettagliato descrivono le varie cariche, le modalità di elezione, la durata ed i compiti: il Corpo Amministrativo è composto di un Governatore, tre Consiglieri e un Provveditore. Al Governatore è data piena facoltà di esercitare il controllo sull'operato degli altri ufficiali, e la vigilanza sugli interessi temporali e sull'amministrazione della Compagnia. Il Provveditore ha fra i suoi compiti di provvedere la Compagnia di quanto necessita, tenere le scritture, il Libro dei Morti, e raccogliere i voti del seggio. I tre Consiglieri debbono assistere a tutti i negozi della Compagnia assieme al Governatore. Il primo consigliere in caso di assenza del Governatore ne fa le veci. Fra gli ufficiali minori compito del Sagrestano è quello di assettare l'altare dell'Oratorio. Lo Scrivano ha l'obbligo di tenere il Libro dei Campioni contenente i nomi dei casati dei fratelli della Compagnia, e il Libro delle Tratte (dove sono annotati i nomi dei fratelli da eleggersi ufficiali). Lo Scrivano poi, nei mesi di maggio e giugno, dovrà recarsi nelle ville assieme al Governatore o al Provveditore e ad un consigliere per il saldo dei Fattori e dei Contadini, e compilare ogni sei mesi il Bilancio del denaro pervenuto in mano al Camerlingo. Il Camarlingo ha l'obbligo della tenuta dei libri di entrata e uscita, di una filza di mandati di pagamento; spetta inoltre a lui il pagamento delle doti. Il Capitolo Fiorentino portati a termine i lavori, ed adempiuti i voleri del Conte emise rinunzia a favore del Capitolo di Pistoia.
Il 27 gennaio 1772 la reggenza del Feudo venne assunta dal Conte Flaminio Bardi, subentrato dopo la morte del padre il Conte Orazio. Il Conte Flaminio contravvenendo a quanto disposto dal Conte Ridolfo nel proprio Testamento, non esitò ad interferire negli affari della Compagnia, ponendosi a capo dell'amministrazione. A questo stato di cose tentarono di ribellarsi gli abitanti di Vernio, i quali, non riuscendo ad ottenere nessun risultato, pensarono di rivolgersi al Granduca di Toscana Pietro Leopoldo, al quale nel 1778 si rivolse anche Flaminio. Il Granduca propose ai Bardi di ricevere l'investitura di Vernio come feudo Granducale, ponendosi quindi sotto le leggi comuni agli altri feudi della Toscana. Il Conte Flaminio non accogliendo tale proposta, si recò a Pavia presso il Plenipotenziario dell'Imperatore in Italia, il quale diffidò il Granduca dallo stipulare tale contratto.
Nel 1708 il Conte Flaminio, onde evitare nuovi tumulti, emanò una legge con la quale vietava ai vassalli di difendere le loro cause davanti ai tribunali posti nei confini del Feudo. Nonostante le istanze del Granduca la corte di Vienna si dimostrò favorevole ai Bardi. Nello stesso periodo il Granduca inviò a Vernio il Senatore Carlo Ippoliti il quale, compilando una relazione sull'Opera Pia di San Niccolò, trovò i conti della Compagnia molto dissestati. Il Granduca ordinò che i Bardi fossero esclusi da ogni ingerenza negli affari dell'Opera Pia, e incaricò i Canonici di Pistoia di assumerne il controllo tramite un Procuratore Generale. Venne così nominato il Canonico Michele Sozzifanti.
Frattanto a Vienna si svolgeva la disputa fra il Granduca di Toscana e i Conti Bardi per stabilire l'appartenenza della contea di Vernio al Granducato o all'Impero. Alla Camera Aulica i Bardi esibirono gli antichi Diplomi di Federigo Barbarossa del 1164, e di Ottone IV del 1209, concessi ai Conti Alberti, ma anche quelli di Carlo IV del 1335 e di Leopoldo I del 1607, concessi direttamente alla loro famiglia, dimostrando così la diretta dipendenza del Feudo dall'Impero. Il 16 ottobre 1787 il Consiglio Aulico riconobbe Vernio Feudo Imperiale, dipendente quindi direttamente dall'Impero Germanico. Nel 1790 Pietro Leopoldo assurse al Trono Imperiale, suscitando vane speranze fra gli abitanti di Vernio. Il Granduca Ferdinando III con Motu Proprio del 23 aprile 1794 si limitò a tutelare i diritti dei Confratelli dell'Opera Pia stabilendo che tutte le deliberazioni fatte dagli Uffuziali della Compagnia per essere valide dovevano riportare l'approvazione del Capitolo di Pistoia e, sempre al Capitolo, il Procuratore doveva ogni anno presentare il rendimento dei conti.
Il 5 agosto 1789 il Visconte di Noailles e il Duca d'Aguillon proposero all'assemblea nazionale di Parigi l'abolizione dei diritti feudali. Il 6 settembre 1797, il direttorio esecutivo dichiarava il popolo di Vernio parte della Repubblica Cisalpina; il 15 settembre l'avvocato Raimondo Leoni di Poppi, con al seguito duecento soldati polacchi, giunse a Vernio e pose la sua residenza nel Casone. Il Leoni, per poter mantenere le truppe che aveva al seguito, impose alla Compagnia un rovinoso prestito che non venne mai restituito.
I Conti Bardi frattanto, a seguito del Decreto del 20 settembre 1797 che li aveva privati di ogni diritto feudale, fecero ricorso al governo di Milano contro il Decreto stesso. Per compensarsi dei diritti persi cercarono di tornare in possesso delle tre fattorie di Celle, Ghireto e Mangona; venne così stipulato un atto di transazione in data 26 maggio 1806, in base al quale si stabilì che le tre fattorie suddette di proprietà della Compagnia tornassero in pieno possesso dei Bardi. La Compagnia, visti i Bardi tornati in possesso delle tre fattorie che costituivano la parte più cospicua del suo patrimonio, nominò una commissione per presentare ricorso al Governo Italico; presidente di tale Commissione fu l'abate Tommaso Masi.
Nel 1811 Vernio veniva staccato dal Regno Italico e riunito al Dipartimento dell'Arno facente parte dell'impero francese. La Compagnia deliberò di richiamare i Bardi ad una liquidazione generale definitiva al fine di ottenere i compensi che la transazione del 1807 le concedeva, o il ritorno in possesso dei beni permutati. Venne così incaricata la Commissione di Beneficenza, istituita nel frattempo a Vernio, per adire il competente tribunale al fine di costringere i Bardi alla prestazione dei conguagli dovuti in cambio dei beni ceduti. Frattanto nel 1815 Vernio veniva riunito alla Toscana e l'ex feudo dei Bardi diveniva una Comunità del Granducato.
Il Primo Turno del Magistrato Supremo accolse le richieste dei Bardi, condannando i Livellari alla continuazione del pagamento dei Livelli. Il 24 ottobre fu ammessa la causa di revisione alla Regia Ruota Civile di Firenze; il 5 settembre 1820 persero ogni diritto ad esigere i fitti, il 12 giugno seguente i giudici confermarono la sentenza del Primo Turno del Magistrato Supremo in favore dei Bardi, condannando gli abitanti di Vernio al pagamento dei fitti. La Compagnia perse definitivamente le tre fattorie, ricevendo in cambio le rendite allodiali, che però vennero condonate agli abitanti di Vernio con rescritto Granducale del 30 gennaio 1823. Il magistrato Comunitativo frattanto aveva Compilato nuove istruzioni per l'amministrazione dell'Opera Pia.
Il nuovo Regolamento venne approvato il 4 agosto 1819. Tale Regolamento stabiliva che l'Opera Pia venisse amministrata da un Governatore e quattro Consiglieri da rinnovarsi ogni anno. L'elezione doveva eseguirsi da parte del Magistrato Comunitativo di Vernio e la borsa contenente i nomi chiusa con triplice chiave da conservarsi una da parte del gonfaloniere di Vernio, una dall'aiuto residente di Barberino di Mugello e una dal Vicario regio di Prato. La gestione dell'amministrazione economica spettava al Governatore e ai quattro Consiglieri, assistiti dal Cancelliere di Scarperia, i quali redigevano inoltre un Campione dove erano descritte tutte le famiglie partecipanti alle rendite dell'Opera Pia. Tale Campione doveva essere depositato nella Cancelleria di Barberino di Mugello. Il Camerlengo aveva poi l'obbligo di riscuotere tutte le entrate, pagare le spese ordinarie e straordinarie con mandato del Cancelliere munito del visto del Governatore. I Ragionieri sottoponevano all'esame del Governatore e dei Consiglieri lo stato delle distribuzioni delle elemosine e procedevano annualmente alla formazione del saldo del Camarlingo. Il Cancelliere ricevuto il saldo doveva esaminarlo in tutte le sue parti e sottoporlo quindi all'approvazione del Corpo Governativo e nel mese di marzo alla ragioneria della Camera delle Comunità per la revisione. Gli infermieri mantenevano il solito obbligo di visitare gli infermi una volta la settimana e lasciare loro "lire due". Eventuali nuove cariche dovevano essere approvate dal Provveditore della Camera delle Comunità. Venne istituito in questo periodo un posto di studio a carico dell'Opera Pia di San Niccolò di Bari in Vernio. Requisiti per poter accedere a questo posto di studio erano l'aver compiuto i quindici anni e l'aver frequentato il corso di Grammatica latina, oltre ad essere di buona condotta e moralità.
Con la nascita del Regno d'Italia furono riorganizzati gli istituti di Carità, con Legge del 3 agosto 1862. Il Consiglio Comunale di Vernio emanò un nuovo Statuto Organico approvato con Regio Decreto del 3 settembre 1868, a seguito del quale venne stilato il nuovo Regolamento Amministrativo dell'Opera Pia. Nell'adunanza del 16 maggio 1868 fu letta una proposta di Regolamento Organico predisposto dal Segretario Comunale Dante Fedeli perché venisse poi deliberato dal Corpo Amministrativo della Compagnia. Nella seduta successiva del 9 giugno 1868 venne data lettura del nuovo Regolamento Organico della Compagnia (come modificato dal Consiglio Comunale di Vernio nella sua seduta del 16 marzo 1867) comprendente quindici articoli; dopo la lettura di tutti gli articoli il nuovo regolamento fu approvato all'unanimità dai componenti il Consiglio Amministrativo, ad eccezione dell'art. 4 al posto del quale fu proposto l'inserimento del seguente: "l'amministrazione dell'Opera Pia è composta da un Presidente, e quattro Consiglieri nominati dai Capo famiglia ammessi alla beneficenza, esclusi gli inalfabeti, da farsi a scrutinio segreto il 6 dicembre di ogni anno, giorno titolare di questa Compagnia, e ciò per uniformarsi alla volontà del Pio Fondatore. Per partito di voti favorevoli tutti." (Protocollo delle Deliberazioni del Corpo Governativo della Compagnia di San Niccolò di Bari in Vernio, anno 1867" n. 23). L'approvazione avvenne con R. Decreto del 3 settembre 1868, con il visto del Ministro dell'Interno.
Nella prima adunanza del 1880, tenutasi il tre gennaio, si dette lettura della minuta del contratto di enfiteusi con il Comune di Vernio la quale fu approvata all'unanimità. Al Presidente dell'Opera Pia fu dato l'incarico di stipulare il relativo contratto in forma pubblica, come già disposto dal Consiglio Comunale nella seduta del 20 agosto 1877 (Protocollo delle deliberazioni del consiglio Amministrativo di detta Opera Pia, n. 24). Il 24 marzo del 1880 la Compagnia concesse in enfiteusi al Comune di Vernio il Casone.
La legge n° 6972 del 17 luglio 1890 dettava norme più precise riguardo l'amministrazione dei vari istituti di Beneficenza; a tale scopo veniva istituita in ogni Comune una Congregazione di Carità con il compito di amministrare le istituzioni pubbliche di assistenza e beneficenza. In forza di tale legge il 17 luglio 1906 l'Opera Pia venne concentrata nella Congregazione di Carità di Vernio; difesa dall'avvocato Callaini ricorrerà il 28 aprile 1908 alla V sezione del Consiglio di Stato contro questa decisione. La V sezione giurisdizionale, accogliendo il ricorso dell'Opera Pia, revocò il Regio Decreto del 17 giugno 1906 che ne aveva disposto il concentramento nella Congregazione di Carità.
L'Opera Pia, a seguito degli eventi storici nei quali fu coinvolta, aveva visto nel corso degli anni assottigliarsi sempre più le proprie rendite, consistenti per lo più nella riscossione di censi e livelli. Le vendite di immobili, resesi necessarie per poter finanziare la manutenzione e il mantenimento del patrimonio, unite ad una pessima amministrazione, la resero impossibilitata a proseguire i propri scopi. Il Consiglio di Amministrazione dell'Opera Pia, con deliberazione del 16 marzo 1985, decretò la cessazione della propria attività e la cessione di tutto il patrimonio mobiliare e immobiliare al Comune di Vernio. Il Consiglio Comunale di Vernio, con Deliberazione n° 81 del 27 marzo 1985, espresse il proprio parere favorevole all'estinzione dell'Opera Pia S. Niccolò, in relazione anche alla normativa vigente relativa all'estinzione delle I.P.A.B. (L.R 31/12/1982 n° 96). In base a tale normativa si rese necessaria una ricognizione completa del patrimonio mobiliare e immobiliare dell'ente. Tale patrimonio comprendeva il Casone, sede del Comune, la Galleria e l'Oratorio adiacenti, oltre ad un edificio sede della Farmacia comunale e della Biblioteca, già sede ed alloggio per le suore e la scuola materna. L' I.P.A.B. "Opera Pia San Niccolò di Bari" venne dichiarata estinta con Delibera del Consiglio Regionale della Toscana n° 236 del 30 giugno 1987, e quello che restava del suo patrimonio devoluto al Comune di Vernio.

Le carte prodotte nel corso della sua lunga storia dalla Compagnia di S. Niccolò di Bari in Vernio sono state oggetto di vari ordinamenti. Il più importante è rappresentato dall'intervento di riordino e inventariazione operato dal Dott. Guido Pampaloni Direttore dell'Archivio di Stato di Firenze, che nel gennaio del 1957 a seguito di una ispezione compiuta presso l'Archivio della Compagnia ravvisò la necessità di operare un riordinamento e inventariazione dell'archivio stesso. Venne quindi dato incarico a Stefanacci Rinaldo, Pieraccini Antonio e Pieraccini Pietro, esponenti del Corpo amministrativo della Compagnia di procedere alla schedatura con la consulenza tecnica della Soprintendenza Archivistica di Firenze. Il lavoro di riordino e inventariazione terminò nel novembre del 1957. L'inventario redatto dal Dott. Pampaloni contemplava le seguenti serie archivistiche, per un totale di 388 unità archivistiche che coprono un arco cronologico che va dal 1287 al 1893:
- Testamenti - Statuti - Deliberazioni;
- Lettere;
- Eredità Bardi;
- Contratti - Livelli;
- Costruzione Palazzo;
- Famiglia;
- Inventari dei Beni;
- Distribuzione di elemosine, Debitori e Creditori - Entrata e Uscita;
- Fattoria di Celle - Saldi;
- Fattoria delle Rose;
- Fattoria di Ghireto;
- Fattoria di Mangona;
- Fattorie di Mangona Celle e Ghireto;
- Poderi;
- Saldi;
- Lavori nelle Ville;
- Entrata di Pigionali;
- Note di Raccolte;
- Bestiame;
- Dazzaioli;
- Conti;
- Conti e Revisioni;
- Ricevute;
- Processi;
- Diversi;
- Spedale;
- Bardi;
- Malaspina;
- Bracciolini di Pistoia;
- Ricordanze di anonimo, 1430. Debitori di Michele Canacci 1425;
- Bolle;
- Libri a Stampa.
Successivamente, circa a metà degli anni ottanta (l'elenco rinvenuto porta la data gennaio 1986), sono stati accorpati alla precedente documentazione descritta tutti quegli atti prodotti negli anni seguenti all'inventario del Pampaloni, e comunque successivamente rinvenuti, ai quali è stata data semplicemente una numerazione progressiva dal n. 389 fino al 507, senza riordinarli - cronologicamente - e senza suddividerli in serie archivistiche. Come accennato precedentemente, documenti riguardanti il Conte Ridolfo e la Compagnia si trovano anche in altri istituti di conservazione, oltre che presso archivi detenuti da famiglie private. In particolare si segnalano documenti presso l'Archivio di Stato di Prato all'interno dell'Archivio Comunale di Vernio, in Archivio di stato di Firenze, nell'archivio dei Conti Guicciardini presso il Castello di Poppiano dove, a seguito dell'alluvione del 1966, venne trasportato l'archivio della Famiglia Bardi che era passato nelle mani dei Conti Guicciardini quali eredi.
L'Archivio della Compagnia di San Niccolò di Bari in Vernio comprende al suo interno, oltre a tutta la documentazione inerente la nascita e l'amministrazione della Compagnia stessa, altri fondi aggregati, all'interno dei quali si trovano carte appartenute alla famiglia Bardi e ad altre famiglie o personaggi legati a vario titolo ad esponenti di questa famiglia. Di particolare importanza sono alcuni documenti riguardanti un nobile di origine anconetana, Lionardo Marinozzi, fra cui il suo testamento del 1576. Il Marinozzi nel suo atto testamentario fa un dettagliato elenco dei beni da lui posseduti, fra i quali i possedimenti di Bellosguardo a S. Croce in Valdarno, e di S. Pietro in Gattolino a Firenze, al quale fa seguire un dettagliato elenco di tele di famosi pittori. Il Marinozzi si era imparentato con la famiglia Bardi a seguito del matrimonio in seconde nozze avvenuto fra il Conte Teodoro Bardi, nonno di Ridolfo, e Fiammetta Marinozzi sua figlia. Altre notizie riguardanti la famiglia Marinozzi si possono trovare all'interno della filza 499, dove si trovano fra l'altro sette lettere inviate da Giorgio Vasari a Lionardo Marinozzi, che con il Vasari era in rapporti di amicizia. Le lettere sono datate una 7 ottobre 1546, le altre sei recano la data 1564. (Le lettere di Vasari, il testamento di Leonardo Marinozzi e notizie intorno il carteggio Marinozzi e i suoi rapporti con i Bardi, sono stati pubblicati in Giorgio Vasari. Lettere inedite a Leonardo Marinozzi per il Palazzo dei Cavalieri a Pisa, vedi bibliografia). Altre carte aggregate all'Archivio della Compagnia sono quelle riguardanti la famiglia Malaspina, fra cui un registro di Debitori e Creditori appartenuto al marchese Galeazzo Malaspina, un "Giornale delle possessioni di Castelvecchio" del marchese Fazio Malaspina più un registro di "entrata e uscita" appartenuto a Clarice Malaspina, moglie di Lionardo Marinozzi. Vi si trovano inoltre documenti attenenti alla famiglia Bracciolini da Pistoia, fra cui un "Giornale" di entrata e uscita del fattore di Caterina Fea vedova di Giovanni Bracciolini, oltre a due filze di Contratti, lodi, lettere e sentenze. La Compagnia di San Niccolò di Bari in Vernio non era l'unico Pio istituto presente nel territorio di Vernio, un'altra importante istituzione fu quella dell'Ospedale di S. Maria Assunta in Mercatale. Questo istituto fu fondato con testamento rogato 8 marzo 1758, dal Conte Girolamo Bardi (31 gennaio 1685 -31 gennaio 1761). Il Conte Girolamo stabilì che venisse eretto un ospedale per infermi nella località di Mercatale. All'erezione di tale ospedale si opposero il Fratello Orazio Bardi ma soprattutto il di lui figlio Flaminio. Alla metà del 1761 lo Spedale era terminato, e fu inaugurato il primo maggio 1762. Il 22 aprile dello stesso anno con Motuproprio il Conte Orazio aveva ordinato il sistema e le costituzioni da osservarsi per il trattamento degli infermi, per la gestione economica, per la nomina degli impiegati. Fino alla morte del Conte Orazio, avvenuta il 1772, l'amministrazione dell'ospedale procedè in maniera regolare; le cose mutarono nel momento in cui subentrò il figlio Flaminio, sotto la cui reggenza si registrarono subito forti perdite economiche. La situazione andò peggiorando con l'avvento della Rivoluzione Francese. Il 15 ottobre 1876 con Regio Decreto venne approvato uno Statuto organico che ne stabiliva nuove norme dettate dai nuovi bisogni del Pio istituto.
Di altri due Legati Pii si trovano notizie nell'archivio della Compagnia di San Niccolò: quello della Contessa Marietta Bourbon dal Monte nei Bardi (la quale con testamento del 2 marzo 1697 lasciava tre doti annue da destinarsi alle fanciulle da maritarsi) e quello del Sacerdote Andrea Frilli il quale con testamento rogato il 12 dicembre 1703 ricevuto ai rogiti di Messer Antonio Meucci, ordinò che la Compagnia del Corpus Domini, in qualità di erede di tutti i suoi beni, provvedesse alla creazione di un posto di studio per mantenere un giovane di Vernio agli studi in un seminario o nell'Università Pisana, mediante un assegno di sessanta scudi.